يعنى قسم دراسات الاسلامية بدراسة الدين والتراث في ضوء المناهج الحديثة للعلوم الإنسانية وذلك لبناء مجتمع مدني تعددي تسود فيه قيم التسامح والعيش المشترك من خلال الكشف عن الأثر الايجابي للفهم العقلاني للدين لتحقيق التطور الاجتماعي والاقتصادي والسياسي والثقافي، يتكون القسم من وحدات البحوث )العقيدة والفكر الإسلامي، الإسلام والحضارة، الإسلام والمعاصرة( ويهدف القسم إلى إعداد الدراسات والبحوث العلمية التي تعنى بدراسة مجتمع مدني تعددي تسوده قيم التسامح والعناية
بتأليف الكتب عن دور الدين في الخطاب الحضاري والإنساني الموجه إلى عموم البشر من خلال فهمه وتمثل شريعته من داخل نصوصه وعن طريق معطياته المتنوعة ورصد
الدراسات التي تؤلف عن الأديان والتركيز على العلاقة بين الأديان والواقع المعاصر على مشروع حوار الأديان الحضاري، يتبنى القسم إشاعة ثقافة التسامح الديني والتعايش بين الجماعات والإفراد ونشر الثقافة البحثية التي تتصدى إلى النظريات الاثنية والطائفية والكلامية ودراسة الدين والتراث في ضوء المناهج الحديثة للعلوم الإنسانية من خلال عقد الندوات والحلقات النقاشية والمحاضرات وفق خطة سنوية يقرها الفريق الاستشاري للقسم